VPS v2 上ではshutdown と reboot はデディケイティド UNIX サーバー上とほぼ同様に作動するように設計されています。しかし、物理的サーバーシステムへのアクセス権はないので、完璧に VPS v2 を停止することはできません。(shutdown コマンドの -h オプションは使えません)しかし、サーバー上の全てのサービスを再起動させることはできます。
shutdown コマンドは /etc/rc.shutdown コマンドも使って、現在稼動しているプロセスをクリーンに停止し、その後、VPS v2 上のサービスを再起動しようとます。クリーンに停止できなかったプロセスがあった場合は kill し、init プロセスが作動します。 (init は、この場合、rc ファイルを読み、他のサービスを起動します)
reboot コマンドは、shutdown とは異なり、クリーンな停止を行おうとはしません。reboot は単純に全てのプロセスを kill し、init を走らせます。 (これは、一般には rc スクリプトを走らせます)